Ancien élève de Polytechnique, de l’école nationale de la statistique et de l'administration économique et de l’ENA (devenue INSP), Thomas Wanecq rejoint l’Inspection générale des affaires sociales en 2005, où il travaille sur les politiques d’emploi, d’insertion et de financement de la protection sociale.

Il rejoint en 2011 la direction de la Sécurité sociale, où il pilote les nouveaux modes de rémunération des maisons et centres de santé et travaille sur le parcours de santé des personnes âgées, avant d’être nommé sous-directeur du financement du système de soins en 2013, pour prendre en charge la régulation du système de santé : Ondam, PLFSS, soins de ville, hôpital, Ehpad, médicaments…

En 2019, il devient directeur général de la Haute autorité de santé, où il va participer à la gestion de la crise sanitaire tout en assurant la continuité des missions de l’institution : évaluation des produits de santé, recommandations de bonnes pratiques, promotion de la qualité dans les secteurs sanitaire et médico-social.

Depuis son retour à l’Igas en 2022, Thomas Wanecq a corédigé de nombreux rapports comme : 

• Causes et effets de la financiarisation du système de santé, juillet 2025
• Revue de dépenses du Fonds national d’action sociale de la branche famille, hors petite enfance, octobre 2023
• Évaluation d’étape de l’accompagnement des jeunes dans le cadre du contrat engagement jeunes, avril 2023